대법원 2026. 8. 13. 선고 2026두30542 판결 [ 부가가치세부과처분무효확인등청구의소 ]

【판시사항】

[1] 세무조사 결과에 대한 서면통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 이루어진 과세처분이 무효인지 여부(원칙적 적극) / 당초 처분에 과세전적부심사의 기회를 제대로 부여하지 않은 절차상 하자가 있는 경우, 그 처분을 취소한 후 절차적 하자를 보완하여 종전과 동일한 내용의 재처분을 하는 것이 허용되는지 여부(원칙적 적극)

[2] 국세기본법령에 명시된 통지의 예외사유에 해당하지 아니함에도 과세관청이 국세기본법 제81조의12 제1항이 규정한 세무조사 결과 통지기한 이후에 그 조사결과를 통지한 경우, 이러한 세무조사에 기하여 이루어진 과세처분이 위법한지 여부(원칙적 적극)

[3] 과세전적부심사가 청구된 경우 과세표준 및 세액의 결정 등이 유보되어야 하는 시한(=과세전적부심사에 관한 ‘결정’ 자체가 이루어진 시점)

【판결요지】

[1] 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 도입된 경위와 취지 등을 고려하면, 특별한 사정이 없는 한 세무조사 결과에 대한 서면통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 이루어진 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다.

그런데 과세전적부심사 제도 자체는 과세처분 전 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위해 마련된 중요한 사전구제절차이기는 하지만, 과세관청은 부과제척기간 내에서 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있고 종전 결정 등에 오류나 누락이 있음이 발견된 경우에는 다시 경정할 수 있는 것이므로, 당초 처분에 과세전적부심사의 기회를 제대로 부여하지 않은 절차상 하자가 있는 경우에도 부과제척기간의 도과로 인해 과세권의 행사가 불가능하지 않은 이상, 당초 처분을 취소한 후 그 절차적 하자를 보완하여 종전과 동일한 내용의 재처분을 하는 것은 원칙적으로 허용된다고 보아야 한다. 위와 같은 경우에 과세관청이 절차적 하자를 보완하여 재처분을 하는 것이 일률적으로 불가능하다고 보게 되면, 납세자의 절차적 권리를 보장하고자 하는 본래의 취지를 넘어서서 다른 납세자와의 형평에 맞지 아니하는 등 공평과세원칙 및 조세정의에 반하는 부당한 결과가 야기될 수 있다.

[2] 세무조사 절차에서 납세자의 권익을 보호하기 위하여 세무조사 결과의 통지기한과 통지의 예외사유를 명시적으로 정하여 규율하고 있는 것은, 세무조사가 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성에 막대한 영향을 주고, 세무조사 결과통지의 기한이 준수되지 아니할 경우 과세관청이 우회적으로 세무조사 기간을 연장하는 부작용이 생길 수 있음을 감안하여, 세무조사가 종료될 경우 과세관청으로 하여금 신속히 결론을 내리도록 의무를 지우는 한편 납세자가 방어권을 제대로 행사할 수 있도록 절차적 보장을 하기 위함이다. 이러한 세무조사 결과통지 제도의 취지 등을 고려하면, 국세기본법 제81조의12 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 국세기본법 시행령 제63조의13 제2항 각 호에 명시된 통지의 예외사유에 해당하지 아니함에도 과세관청이 국세기본법 제81조의12 제1항이 규정한 세무조사 결과 통지기한 이후에 그 조사결과를 통지하였다면, 달리 이를 용인할 만한 특별한 사정이 없는 한 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 이러한 세무조사에 기하여 이루어진 과세처분은 위법하다고 봄이 타당하다.

[3] 국세기본법 제81조의15 제4항의 문언 자체에서 과세전적부심사에 관한 ‘결정’과 이러한 결정의 ‘통지’라는 용어를 준별하고 있는 점, 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항 역시 위 국세기본법 조항의 문언에 맞추어 단지 과세전적부심사에 관한 ‘결정’이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하도록 명시하고 있는 점 등을 고려하면, 과세전적부심사가 청구된 경우 과세표준 및 세액의 결정 등이 유보되어야 하는 시한은 과세전적부심사에 관한 ‘결정’ 자체가 이루어진 시점까지일 뿐, ‘결정’이 청구인에게 현실적으로 통지되거나 송달될 때까지라고 볼 수 없다.

【참조조문】

[1] 국세기본법 제81조의15, 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항 [2] 국세기본법 제81조의12 제1항, 국세기본법 시행령 제63조의13 제1항, 제2항 [3] 국세기본법 제81조의15 제4항, 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항

【참조판례】

[1] 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결(공2017상, 257)

대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결(공2020하, 2320)

(출처 : 대법원 2026. 8. 13. 선고 2026두30542 판결 | 사법정보공개포털 판례)

2026. 10. 26. · 작성 신동우 대표변호사